A abundância de água é uma das características da região abrangida pelas obras de duplicação da BR-116/392. Podemos encontrar banhados, arroios, canais, campos úmidos e também a grande área de estuário da Lagoa dos Patos, com suas características específicas, como as marismas, que são banhados de água salgada típicos de regiões de estuário. Dentre as áreas com concentração de água está a barragem de Santa Bárbara, que abastece o município de Pelotas, e também o Arroio Pelotas, reconhecido como Patrimônio Cultural do Estado. Em direção ao município de Rio Grande encontramos o Arroio Bolacha, que liga o Saco da Mangueira à Lagoa Verde, uma importante Área de Proteção Ambiental daquele município. É nesta área que se encontram as marismas.
Para garantir que a duplicação da rodovia não cause danos à qualidade da água, está sendo desenvolvido o Programa de Monitoramento da Qualidade da Água (PMQA), o qual tem como finalidade conhecer e monitorar a qualidade da água em pontos sensíveis da região antes, durante e após a conclusão das obras.
A equipe de Gestão Ambiental da rodovia, responsável pela execução do programa, realiza campanhas a cada quatro meses, quando são coletadas amostras de água dos pontos próximos à rodovia e enviadas para análise em laboratório, para atestar a sua qualidade.
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