O Programa de Resgate de Germoplasma está voltado para espécies arbóreas com interesse econômico, medicinal e paisagístico, principalmente as epífitas. Abundantes na região, as epífitas são plantas que vivem nos galhos de árvores em uma relação harmônica, embelezando as matas com cores e formas e ajudando a compor pequenos ecossistemas nas suas copas. Para diminuir o impacto do corte de árvores durante as obras, as epífitas são resgatadas e colocadas em árvores que não serão suprimidas, preservando a diversidade florística da região por meio da coleta da maior quantidade de germoplasma de diferentes espécies.
A propagação vegetativa dos cactos e o transplante de árvores imunes ao corte também fazem parte deste programa.