A região da BR-116/392 caracteriza-se, principalmente, pela ocorrência de ambientes de banhados, campos e matas. Estes ambientes têm uma grande importância ecológica e, consequentemente, são protegidos pela legislação brasileira. Para as obras de duplicação da rodovia foram planejadas medidas para minimizar o impacto que a obra possa causar às formações vegetais da região. As medidas estão contidas em dois programas previstos no Plano Básico Ambiental (PBA) que tratam da conservação da flora local, que são o Programa de Supressão de Vegetação e o Programa de Resgate de Germoplasma. Estes programas garantem os cuidados com a flora durante as obras.

A construção de uma rodovia implica na limpeza da faixa de domínio, que é a área destinada à implementação da pista. Para que o projeto se concretize, há necessidade de retirada da vegetação. Os cuidados que tomados para minimizar este impacto são:

- Somente é suprimida a vegetação necessária para a implementação da nova pista;

- As árvores nativas protegidas com ênfase pelo Código Florestal do Rio Grande do Sul são transplantadas, sempre que haja possibilidade de sobrevivência ao procedimento;

- A vegetação suprimida deverá ser compensada por meio de plantio de mudas na região.

As árvores protegidas com ênfase pelo Código Florestal do Rio Grande do Sul presentes na região da BR-116/392 são a figueira, a corticeira-do-banhado, o jerivá e o butiazeiro.

Além dos cuidados com as árvores, as epífitas também recebem atenção especial. As epífitas são aquelas plantas que vivem sobre as árvores e em harmonia com elas, como as bromélias e orquídeas. Quando a árvore onde as epífitas vivem está destinada à remoção, elas são retiradas e colocadas em outras árvores, para garantir a sua sobrevivência. A este procedimento se dá o nome de resgate de germoplasma.

Os cactos da região também são resgatados durante as obras. Aqueles que se encontram na faixa de domínio da rodovia são seccionados (cortados em partes) e plantados em áreas próximas, onde poderão sobreviver. Este procedimento se chama propagação vegetativa. 

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